К ним могут быть присоединены небольшие химические группы, таковыми являются метильные, ацетильные и фосфатные либо достаточно крутые белковые молекулы, такие как убиквитин, биотин, SUMO и цепочки АДФ-рибозы. Остатки пролинаже могут быть изомеризованы. Для обозначения разнообразных модификаций в большинстве случаев используют такую систему: указывают название гистона, название аминокислоты по однобуквенной номенклатуре, номер остатка от N-конца и тип модификации. Например, Н4К16ас означает, что это ацетилированный 16-й по счету остаток лизина в гистоне Н4. Все Модификации являются обратимыми, и для каждой существуют ферменты, которые ее устанавливают или удаляют. Все модификации являются обратимыми, и для каждой существуют ферменты, которые ее устанавливают или удаляют.

Общее число ферментов велико, и оно постоянно увеличивается, но единая номенклатура для них пока отсутствует. Например, НЗК4-специфичная деметилаза у человека называется USD1, а у дрозофилы SU(VAR)3-3; НЗК4-специфичная метилтрансфераза у Человека называется MLU, а у дрозофилы Тгх. Для упрощения громоздких бессистемных названий был предложен вариант единой номенклатуры для ферментов, связанных е ацетилированием и Метилированием.